La carence du contrôle interne a fait l'objet de nombreuses décisions de justice. En effet, se pose, aussi, en pratique dans ce type de situation, la question de savoir si la perte résultant de détournements commis par les salariés de la société est, dans ce cas, (fiscalement) déductible ou non. Pour résumer brièvement l'état de la question, la carence du contrôle interne ne paraît pas pouvoir fonder un refus de déduction des pertes comptabilisées à la suite d'opérations menées par un salarié (conformément à l'objet social de l'entreprise) traduisant un risque excessif que les défaillances organisationnelles n'ont pas permis d'éviter, sauf dans le cas où les dirigeants auraient sciemment accepté une telle prise de risque par une absence totale d'encadrement et de contrôle de l'activité du salarié. Sous cette réserve, les opérations à risque devraient être analysées comme des accidents d'exploitation que le juge fiscal se défend de sanctionner (pas de sanctions sur le terrain de l'acte anormal de gestion) (CE 24 mai 2011, avis n° 385088).
Il n'appartient pas à l'administration de se prononcer sur l'opportunité des choix de gestion de l'entreprise et notamment pas sur l'ampleur des risques pris par elle pour améliorer ses résultats, indépendamment du cas de détournements de fonds rendus possibles par le comportement délibéré ou la carence manifeste des dirigeants (CE 13 juillet 2016, n° 375801).