Le contrôle du crédit d'impôt recherche

Nature des investigations - Les agents du ministère chargé de la recherche et de la technologie peuvent vérifier la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d'impôt (CGI, LPF, art. L. 45 B).

Cette vérification peut être réalisée soit par des agents dûment mandatés par le directeur de la technologie, soit par les délégués régionaux à la recherche et à la technologie ou par des agents dûment mandatés par ces derniers (CGI, LPF, art. R. 45 B-1).

Ces dispositions n'imposent pas aux agents du ministère de la recherche et de la technologie d'engager avec l'entreprise un débat oral et contradictoire sur la réalité de cette affectation ; cette administration est seulement tenue de notifier à l'entreprise les résultats de son contrôle (CE 21 décembre 2001, n° 221006 ; 25 avril 2003, n° 236066).

Objectifs - L'examen des dossiers confiés aux experts scientifiques consiste principalement à :

Modalités de l'intervention - Les agents mandatés peuvent se rendre dans les entreprises, après envoi d'un avis de visite, pour consulter notamment les documents comptables et les pièces justificatives ainsi que tous les documents techniques, effectuer toutes constatations matérielles, procéder à des vérifications techniques, en vue de s'assurer de la réalité de l'activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées (CGI, LPF, art. R. 45 B-1).

Avis technique - Un avis favorable, défavorable ou mixte (quand seulement une partie des travaux est éligible au titre du CIR) est émis et communiqué à la direction des services fiscaux. Une copie est également envoyée à l'entreprise concernée.

L'administration fiscale reste seule compétente pour notifier les rectifications.

Lorsque le ministère de la Recherche et de la Technologie a effectué un contrôle, le simple renvoi aux conclusions de ce contrôle dans la proposition de rectification ne peut pas être regardé comme une motivation suffisante. Les éléments communiqués par ce ministère doivent figurer « en clair » dans le corps de la proposition de rectification (doc. adm. 4 A 4142-1). L'exigence posée par cette doctrine concerne la situation dans laquelle les rectifications sont fondées sur les constatations opérées par le ministère de la Recherche.

Lorsque le vérificateur ne s'est pas fondé sur cet avis pour procéder aux rectifications, il n'a pas à en porter la teneur et la portée à la connaissance du contribuable pour lui permettre d'en discuter le contenu, dès lors que le vérificateur ne s'en est pas approprié les motifs (CE 25 avril 2003, n° 236066).

La procédure de rectification suivie par l'administration fiscale est régulière dès lors qu'elle intègre les termes du rapport établi par les agents du ministère chargé de la recherche (CAA Bordeaux 15 décembre 1998, n° 96-776). De même, une réponse aux observations qui reprend les termes circonstanciés de l'avis du ministère de la Recherche est suffisamment motivée (CE 21 décembre 2001, n° 221006).

Pour bénéficier de la procédure de rescrit, l'entreprise doit adresser sa demande accompagnée d'un dossier, à la direction des services fiscaux dont elle dépend. Ce dossier se compose d'un questionnaire concernant l'entreprise et l'opération de recherche et comporte un état prévisionnel des dépenses de recherche. Cet état prévisionnel permet aux services de l'administration de mesurer les enjeux financiers du projet.

Le questionnaire comporte une première série de renseignements concernant l'entreprise, son activité et son environnement. La seconde série de questions concerne l'opération de recherche envisagée.

Le projet de loi de modernisation de l'économie prévoit que, à une date fixée par décret et au plus tard le 1^er janvier 2010, l'entreprise pourra adresser sa demande directement aux services relevant du ministre chargé de la recherche ou à un organisme chargé de soutenir l'innovation (la liste des organismes sera fixée par un décret en Conseil d'État). La prise de position des services du ministère de la Recherche et des organismes consultés directement sera notifiée à l'entreprise et à l'administration. Lorsque cette prise de position sera favorable (ou en l'absence de réponse dans un délai de trois mois), l'administration des impôts ne pourra rejeter la demande de l'entreprise que pour un motif autre.

L'administration peut solliciter l'avis des scientifiques -  L'administration des impôts peut solliciter l'avis des services du ministère de la Recherche lorsque l'appréciation du caractère scientifique et technique du projet de recherche le nécessite (CGI, LPF, art. R* 80 B-5 c).

Le projet de loi de modernisation de l'économie prévoit que l'administration pourra également consulter des organismes chargés de soutenir l'innovation à compter du 1^er janvier 2009. L'avis favorable émis par ces organismes et notifié à l'administration fiscale s'imposera à cette dernière.

Trois mois pour répondre - Pour les demandes adressées depuis le 1^er mars 2008, la réponse de l'administration doit intervenir dans un délai de trois mois. Si l'administration ne répond pas dans ce délai, cette absence de réponse vaut accord tacite de la demande (CGI, LPF, art. L. 80 b-3°). Le délai de réponse court à compter de la réception de la demande adressée sous pli recommandé avec demande d'accusé de réception. C'est un délai franc calculé de quantième à quantième. Si le délai expire un samedi, un dimanche ou un jour férié ou chômé, il est prorogé jusqu'au premier jour ouvrable suivant.