La rétroactivité comptable constitue une différence importante entre la fusion simplifiée, qui laisse une grande latitude en matière de détermination conventionnelle de la date d'effet comptable, et la TUP qui ne laisse aucune possibilité de rétroactivité.
Les fusions et les TUP peuvent, au choix de l'entreprise, être placées sous le régime spécial de l'article 210 A du code général des impôts, qui a vocation à assurer la neutralité fiscale et le caractère intercalaire de l'opération, ou sous le régime de droit commun qui emporte les conséquences fiscales de la dissolution. La fiscalité de ces opérations est précisée par l'instruction administrative 4 I-1-05.
Lorsqu'une société par actions ou une SARL souhaite absorber une ou plusieurs de ses filiales françaises détenues à 100 %, elle a le choix entre deux instruments juridiques :
